La tradition dit qu'il a été fondé par Jaume I dans une ancienne mosquée, mais le bâtiment actuel a été érigé au 14ème siècle. Elle est considérée comme l'une des plus anciennes églises de la ville et a longtemps été un foyer chrétien après la conquête chrétienne. Ce temple chrétien est un excellent exemple du soi-disant gothique de conquête qui a été répandu par les ordres mendiants. Roderic de Borja (futur pape Alejandro VI) a reçu le sacrement du baptême dans cette église en 1432.

L'église de Sant Pere Apóstolo date du XIVe siècle et est située au centre du vieux quartier du marché. Sa structure était simple, avec un plan rectangulaire avec des arcs diaphragmes qui divisaient la nef en quatre sections, et une tour reliée au chœur. Au fil des ans, l'édifice a subi plusieurs transformations, la plus notable étant celle qui a eu lieu après l'incendie de 1707, qui a donné à l'église la conception baroque et rococo de l'époque. On pense que l'agrandissement de la nef et l'installation de chapelles ont eu lieu avant l'incendie.

L'aspect actuel est le résultat d'une restauration réalisée entre 1988 et 1995, qui permet d'observer les différentes phases qu'a traversées l'édifice (XIVe-XVIIIe siècles). Le plafond d'origine en bois polychrome se distingue, ainsi que la dernière section et le choeur, qui ont été laissés avec le toit rococo comme témoin. Les chapelles ont également été supprimées et 26 cryptes sont apparues au sous-sol.